今から650年ほど前の室町時代に今川範国が駿河国の守護に任ぜられ、以後駿河国は今川氏の領土の一つになります。 今川氏全盛期9代義元の時代に、徳川家康（幼名 松平竹千代）は人質として19歳までの12年間、駿府で生活しています。後に戦国大名、そして天下人へと成長していく過程で臨済寺の住職太原雪斎などから種々の教えを受けており、家康の人間形成の上で非常に重要な時期を駿府で過ごしています。 戦国争乱の中、永禄11年（1568）10代氏真は甲斐の武田信玄に攻められて掛川に落ち、駿府の町は焼き払われます。さらに、天正10年（1582）には徳川家康が駿府の武田勢を攻め、再び戦火に遭った中世駿府の町は、ほぼ壊滅状態になりました。

駿河国を領国の一つとした徳川家康は、天正13年から居城として駿府城の築城を始め、天正17年に完成させます。現在の二ノ丸以内の部分です。しかし、家康は翌年関白豊臣秀吉の命によって関東に移封（国替え）され、豊臣系の家臣中村一氏（なかむらかずうじ）が城主となります。
豊臣秀吉亡き後、関ヶ原の戦いに勝利した徳川家康は、慶長8年（1603）征夷大将軍に任ぜられ江戸幕府を開きました。
慶長10年将軍職を2代秀忠に譲った家康は、その翌年駿府を「大御所政治」の拠点の地と定めて再び戻ってきました。天正期の駿府城を拡張（三ノ丸）修築し、駿府の町割りや安倍川の治水事業に取りかかり、現在の静岡市の市街地の原型が造られたのです。
そして、家康自らは、晩年も「大御所」として天下の実権を掌握し、駿府は江戸を凌ぐ政治・経済・文化の中心としてその黄金時代を迎えたのでした。